【コラム】MinIONTMを使ったクリニカルシークエンシングが拓く病原菌同定の新スタンダード—オンサイトでの感染症診断を可能にする超小型シークエンシングシステム

Rapid bacterial identification from clinical specimens using MinIONTM nanopore sequencing technology

感染症管理は医療現場における最重要課題の1つである。抗菌薬による治療では細菌同定が重要な情報となるが，現在の標準的な検査である細菌培養法では結果を得るのに数日かかるため，経験的に抗菌薬を選択し，使用しているのが現実である。より迅速な同定を目的に培養に依存しない検査手法として，検体中に含まれる細菌の遺伝子配列を取得・解読し，病原菌を同定する方法が開発されている。核酸配列に基づくデジタルデータの解析により細菌種の判別を行うことから，培養や生化学的性状を利用した従来の細菌同定法に比べ，特定の遺伝子領域が司る機能（薬剤耐性など）は判定できないという制約はあるものの，より客観的で信頼性の高い診断が可能である。

　本稿では，核酸配列解析における革新的技術であるナノポアシークエンサーMinION^TMを使った病原菌同定法の確立に向けた筆者らの取り組みを紹介する。

Acute infectious diseases remain one of the leading causes of life-threatening conditions with a high mortality rate. Therefore, rapid identification of pathogenic bacteria is crucial for appropriate and adequate antibiotic treatment. Although culture-based techniques remain at the forefront of clinical microbial detection, these methods are time-consuming and initial antibiotic therapy is usually empirical. To overcome the limitations of conventional culture-based detection methods, molecular techniques for the genetic diagnosis of infectious diseases have been developed. 16S ribosomal RNA （rRNA） gene amplicon sequencing has proven to be a powerful strategy for accurate molecular diagnosis of bacterial infections. We have established a sequencing method for 16S rRNA gene analysis utilizing the nanopore sequencer MinION^TM, which enabled the identification of bacterial pathogens in clinical specimens with a total analysis time of less than 2h.