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Rinsho Kensa Volume 69, Issue 10 （October 2025）

臨床検査 69巻10号（2025年10月発行）

Japanese English

増大号超実践！病理で迫るがんゲノム医療—検査から治療まで

2章　がんゲノム検査に関わるテクニックと工程遺伝子関連検査領域の工程

ライブラリー作製（アンプリコンシークエンス法，キャプチャーシークエンス法）赤羽俊章 ^1,2 ¹鹿児島大学病院腫瘍センター・ヒトゲノム遺伝子解析センター ²鹿児島大学大学院医歯学総合研究科病理学分野キーワード：アンプリコンシークエンス法 , キャプチャーシークエンス法 Keyword: アンプリコンシークエンス法 , キャプチャーシークエンス法 pp.1106-1109

発行日 2025年10月15日 Published Date 2025/10/15

DOI https://doi.org/10.11477/mf.048514200690101106

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Abstract 文献概要
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参考文献 Reference

アンプリコンシークエンス法

　アンプリコンシークエンス法は，ターゲットの遺伝子領域のDNA配列に即したプライマーをサンプルDNAとPCR反応させることで目的の領域だけを増やし，アンプリコン（PCR産物）を作る手法である．がんゲノム，とりわけ，ホルマリン固定パラフィン包埋（formalin fixed paraffin embedded：FFPE）検体から抽出したDNAを使用する場合，低品質，低濃度であることが多々あるが，この手法は低濃度または断片化が進んだDNAを用いても，目的の領域を濃縮（エンリッチメント）することが比較的容易である．

　しかしながら，断片化が著しいDNAの場合，反応する箇所によっては非特異的にPCR反応が起き，本来は別の遺伝子領域であるのに，別の場所にマッピングされ，エラー1塩基多型（single nucleotide polymorphism：SNP）として検出されることがある．また，コピー数多型（copy number variation：CNV）解析では，非腫瘍のDNAと腫瘍部位のDNAのリード数の差を基に比較解析を行ってCNVを算出するが，両者の検体品質が著しく異なると，増幅効率に差が生じ，正確な値が算出できない．例を挙げると，非腫瘍部位として新鮮な血液由来のDNA，腫瘍部位として5年前のFFPE由来のDNAを用いて比較・解析しCNVを算出する場合などであり，バイオインフォマティシャンによる検証と補正が必要となる．