増刊号 がんゲノム医療用語事典
6.検査(ライブラリー作製,次世代シークエンサー)に関する用語
赤羽 俊章
1
1鹿児島大学大学院医歯学総合研究科腫瘍学講座病理学分野
キーワード:
ターゲットシークエンス
,
ターゲットエンリッチメント
,
アンプリコンシークエンス法
,
キャプチャーシークエンス法
,
アンプリコンシークエンス/分子バーコード法
,
融合遺伝子
,
RNAシークエンス
,
ビーズ精製
,
磁気ビーズ
,
ライブラリー
,
マルチプレックスPCR
,
次世代シークエンサー
,
NGS
,
SBS法
,
A付加
,
アダプターライゲーション
,
インデックス
,
リファレンス配列
Keyword:
ターゲットシークエンス
,
ターゲットエンリッチメント
,
アンプリコンシークエンス法
,
キャプチャーシークエンス法
,
アンプリコンシークエンス/分子バーコード法
,
融合遺伝子
,
RNAシークエンス
,
ビーズ精製
,
磁気ビーズ
,
ライブラリー
,
マルチプレックスPCR
,
次世代シークエンサー
,
NGS
,
SBS法
,
A付加
,
アダプターライゲーション
,
インデックス
,
リファレンス配列
pp.1139-1159
発行日 2020年10月15日
Published Date 2020/10/15
DOI https://doi.org/10.11477/mf.1542202482
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ターゲットシークエンス(ターゲットエンリッチメント)
ターゲットシークエンスは,その名の通り,目的の遺伝子であるターゲットに読む範囲を限定し,DNA配列を決定する手法のことである(図1).ターゲットエンリッチメントとも呼ばれる.“標的領域のDNAを増幅し配列を決定する”という意味で理解していただいて差し支えない.領域を絞ることで,その領域のみを深く読めること(high depth)から,感度を上げて変異を検出することができるようになり,結果の信頼性が上がる.
ホルマリン固定パラフィン包埋(formalin fixed paraffin embedded:FFPE)検体由来のDNAなど,固定後修飾,核酸断片化が進行しているようなサンプルを使用する場合はhigh depthに解析し,検出した変異の信頼性を得ることが重要である.読む遺伝子領域の長さと解析コストは比例するが,複数サンプルの特定領域のDNA配列を読むことで低コスト,ハイスループットの解析が可能になる.
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