やってみようバイオインフォマティクス -――メタ16S解析編

Let’s try bioinformatics ――Meta 16S analysis

SUMMARY

環境中の微生物がどのような種で構成されているかを調べる解析法として，メタ16S解析が最もよく利用されている．この手法の強みとしてPCRプライマーによる16S rRNA遺伝子の増幅が利用できること，リファレンス配列が十分にデータベース化されていること，微量のサンプルでも解析可能なことがあげられる．現在はハイスループットシーケンスを用いることによって簡便かつ高速に網羅解析することが可能となった．メタ16S解析に用いられるシーケンサーはIllumina社のHiSeqやMiSeqが利用され，1サンプルあたりのコストは2-3万円で可能である．Illumina社のシーケンサーから得られた塩基配列のデータはFASTQファイルという形式で出力され，リード名，塩基配列，クオリティ値で構成される．本文章では，このFASTQファイルから始めて各微生物種の割り当て，相対量の算出までのプロセスを説明する．