やってみようバイオインフォマティクス -――RNA-seq解析編

Let’s try bioinformatics ――RNA-seq analysis

SUMMARY

遺伝子発現の網羅的な解析はマイクロアレイ等で始まったが，現在は次世代シーケンサーを利用したRNA Sequencing（RNA-Seq）という手法がよく利用されている．すべての遺伝子の発現動態が観察できるため，広く多くの研究で活用されており，SNPのときと同様に，そのデータ解析手法はかなり確立されつつある．そこで，本章では，RNA-seqデータを用いた遺伝子発現量解析をWindows上の仮想マシンで行う手順を紹介する．サンプルとしてヒト大腸がんのRNA-Seqデータを利用する．がんの部分と，そうでない上皮組織それぞれの遺伝子の発現量を計算し，各遺伝子の発現量に統計学的に有意な差があるかを検定するための手順を紹介する．今回紹介する方法は，データベース上で公開されているデータや手元にある自身のデータにも応用できるため，そういったデータでも試してもらいたい．