やってみようバイオインフォマティクス -――SNP解析編

Let’s try bioinformatics ――SNP analysis

SUMMARY

一塩基多型（SNP）は個人間で大きく異なっているため，その個人が持つ多様性を構成する重要な因子である．また，ゲノムワイド関連解析のような疾患の原因因子を特定する解析においても利用されており，そのデータ解析手法はおおむね確立されている．本章では，SNP検出についてMac上の仮想マシンを使用して行う手順を紹介する．一般的にSNP解析を実施する場合，多くはLinuxというOSが搭載されたPCで実施することが多い．今回は，広く読者が利用しているMac上でLinux OSの仮想環境を構築し，そこで作業することを想定した手順を紹介している．Linux用のPCを別に購入する必要がない方法になるため，手早く試すには都合がよいと思われる．あまり馴染みのない作業を実施することになるが，本章および次章以降で扱う方法を身につけることで，次世代シーケンサー由来のデータ解析を自らできるようになるはずである．