次世代シークエンサーによるトランスクリプトーム解析

Transcriptome analysis using next generation sequencing

トランスクリプトーム解析は，ある瞬間の生物あるいは細胞の転写産物すべてを網羅的に解析する手法である．刺激応答や細胞分化の前後での遺伝子群の挙動を解析することで，個体/組織/細胞の性質を推測することができる．次世代シークエンサーの登場により，アレイの網羅性とSAGEの厳密性を兼ね備えた解析が可能となったが，現時点で次世代シークエンサーのデータを解釈するにはLinuxなどのインフォマティクススキルが必要とされる．しかし，数年以内には医療，臨床検査の現場で次世代シークエンサーの結果の解釈が求められる時代となるのは間違いない．そこで，本稿では次世代シークエンサーをとりまく状況と次世代シークエンサーによるトランスクリプトーム解析について概説する．

Transcriptome analysis is a method of analyzing the whole transcripts in cells.　By the advent of next-generation sequencers (NGS) analyses combining the comprehensiveness of DNA microarray and the strictness of SAGE have become possible, but skills in bioinformatics are essential for analysing the NGS data.　However, it is certain that within a few years the era will come in which interpretation of the results of NGS will be required in the field in medical care and clinical tests.　In this paper, the circumstances surrounding NGS and the basic methodology of transcriptome analysis are reviewed.