ライブラリー作製（アンプリコンシークエンス法，キャプチャーシークエンス法）

アンプリコンシークエンス法

　アンプリコンシークエンス法は，ターゲットの遺伝子領域のDNA配列に即したプライマーをサンプルDNAとPCR反応させることで目的の領域だけを増やし，アンプリコン（PCR産物）を作る手法である．がんゲノム，とりわけ，ホルマリン固定パラフィン包埋（formalin fixed paraffin embedded：FFPE）検体から抽出したDNAを使用する場合，低品質，低濃度であることが多々あるが，この手法は低濃度または断片化が進んだDNAを用いても，目的の領域を濃縮（エンリッチメント）することが比較的容易である．

　しかしながら，断片化が著しいDNAの場合，反応する箇所によっては非特異的にPCR反応が起き，本来は別の遺伝子領域であるのに，別の場所にマッピングされ，エラー1塩基多型（single nucleotide polymorphism：SNP）として検出されることがある．また，コピー数多型（copy number variation：CNV）解析では，非腫瘍のDNAと腫瘍部位のDNAのリード数の差を基に比較解析を行ってCNVを算出するが，両者の検体品質が著しく異なると，増幅効率に差が生じ，正確な値が算出できない．例を挙げると，非腫瘍部位として新鮮な血液由来のDNA，腫瘍部位として5年前のFFPE由来のDNAを用いて比較・解析しCNVを算出する場合などであり，バイオインフォマティシャンによる検証と補正が必要となる．