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雑誌
がんゲノムデータ解析
筆頭著者 清水 厚志 坊農 秀雅 (編集)
MEDSI
電子版ISBN 978-4-8157-0262-5
電子版発売日 2023年2月20日
ページ数 472
判型 B5変
印刷版ISBN 978-4-8157-3052-9
印刷版発行年月 2022年8月
書籍・雑誌概要
学生，院生，研究者，医師，臨床検査技師・・・
がんの解析を始めたいすべての人へ 最初の一歩をこの本から！
がんゲノム医療において不可欠な、がんゲノムのデータを解析する知識と技術が身につく、実践に即した解説書。各章とも「教科書パート」（教師役が執筆）でソフトウェアのインストールから解析データの取得、データ解析、そして結果の可視化までを学び、「再現・検証レポート」（生徒役が執筆）で実際に解析を体験。つまずいた箇所は「教科書パート」にフィードバックし再確認できる、初学者の独学に効果的な学習形式を採用。データ解析未経験者でもよくわかる必携書。
目次
第1章 がんのゲノム・オミックス解析を視野に入れた検体保存方法
COLUMN 1 がんゲノム研究と倫理的・法的・社会的課題
第2章 がんのターゲットリシークエンス
―がんパネルシークエンスによる乳がん変異検出
再現・検証 とある検査技師のブラックボックスへの挑戦録
再現・検証 DRY解析初心者遺伝カウンセラーの挑戦
特別寄稿 遺伝カウンセラーが「がん患者」になるとき
COLUMN 2 がんゲノムプロファイリング検査におけるエキスパートパネルの概要と課題
COLUMN 3 がん遺伝子パネル検査の課題 ①医師の立場として
COLUMN 4 がん遺伝子パネル検査の課題 ②臨床検査会社として
第3章 がんの融合遺伝子検出
―RNAシークエンスによるがん融合遺伝子検出
再現・検証 Macか，Windowsか，それが問題だ
第4章 がんのCNV検出
―SNPアレイによる転移性肝がん，およびメラノーマのコピー数変異検出
再現・検証 中年も，大志を抱け―Linuxを扱うべきか扱わないべきかそれが問題だ
第5章 がんのゲノム解析
―ロングリードシークエンサーによる肺がんゲノム構造変異検出
再現・検証 遺伝子解析？ それ美味しいの？ 完全門外漢によるはじめての遺伝子解析
COLUMN 5 完全ヒトゲノム配列ががんゲノム解析にもたらす恩恵
第6章 がんのGWAS
―GWASによる乳がん感受性多型の検出
再現・検証 世界で一番スマートなGWAS体験をあなたへ
第7章 がんのポリジェニックリスクスコア
―ゲノムデータから乳がんリスクスコアを計算
再現・検証 Mac初心者にもできる！できると楽しい！PRSの再現・検証
COLUMN 6 がん環境要因の疫学研究と分子疫学
第8章 がんのエピゲノム解析
―マイクロアレイによる腎がんエピゲノム変異検出
再現・検証 R（ほぼ）初心者，EWASに挑戦―驚愕!?メチル化データによる性別推定の有用性と謎
第9章 がんのcfDNA解析
―リキッドバイオプシーによる大腸がん変異検出
再現・検証 「血の一滴」はどれだけ「重い」―cfDNAで読みとく運命の行方
COLUMN 7 がんワクチン臨床試験の統計学的課題
