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雑誌
Dr.Bonoのゲノム解読
NGSによるシークエンシングとデータ解析の今
筆頭著者 坊農 秀雅 (著)
MEDSI
電子版ISBN 978-4-8157-0339-4
電子版発売日 2024年12月16日
ページ数 152
判型 B5変
印刷版ISBN 978-4-8157-3120-5
印刷版発行年月 2024年11月
書籍・雑誌概要
ゲノム解読の「過去・現在・未来」がわかる！
最新のゲノム解読の手順をまとめ、全体像と解析内容をわかりやすく解説。ゲノム解析に必要な「分子生物学の基礎知識」、かつて行われていたゲノム解読法や国際塩基配列データベースの成り立ちについて解説した「これまでのゲノム解読」、実際に行われるゲノム解読の流れに沿って解説する、本書の中心となる章「2020年代のゲノム解析」、新たな次世代シークエンサーとゲノム解析の応用の展望を述べた「これからのゲノム解析」の４章構成。
目次
序文
本書の使い方
第0章 はじめに―なぜゲノムを解読するのか？
0.1 生物は細胞でできている
0.2 分子生物学の基礎知識
DNA（デオキシリボ核酸）
セントラルドグマ
遺伝子工学のツール：酵素
逆転写酵素
制限酵素
ヌクレアーゼ
0.3 なぜゲノムを解読するのか？
第1章 これまでのゲノム解析
1.1 DNA塩基配列解読法の発明
1.2 国際塩基配列データベース共同研究
1.3 ヒトゲノム計画開始
1.4 モデル生物種のゲノム解読
1.5 トランスクリプトーム解析
expressed sequence tag（EST）
発現マイクロアレイ
RNA sequencing（RNA-Seq）
リファレンスありの場合のデータ解析
リファレンスなしのデータ解析
RNA-Seq vs. マイクロアレイ
1.6 DNA配列解読技術の進展
パイロシークエンス
sequence by hybridization（SBH）
半導体チップによるプロトン測定法
総括
第2章 2020年代のゲノム解析
2.1 ゲノム配列の公共データベース
学名で検索しよう
近縁種を調べよう
ゲノム配列の公共データベース
NCBI Datasets
whole genome shotgun（WGS）
モデル生物種のゲノムデータベース
UCSC Genome Browser
Ensembl Genome Growser
ゲノムアノテーションデータの統合化
2.2 ゲノム解読のためのサンプリング
基本的な実験器具
DNAの量と質
どこからとってくるか
倍数体の問題
実験自動化
2.3 ゲノム配列解読の実際
ショートリードシークエンサー
Quality score
FASTQ形式の詳細な説明
ロングリードシークエンサー
PacBioシークエンス
ナノポアシークエンス
2.4 ゲノムアセンブル
ゲノムのカバレッジ
ゲノムアセンブラ
染色体上の近接の情報（Hi-C）
スカフォールド（Scaffold）
T2Tゲノム
2.5 データの注釈づけ（アノテーション）
ゲノムアノテーション
遺伝子コード領域のアノテーション
転写開始点のアノテーション
染色体上の近接の情報（Hi-C）のアノテーション
ChIP-seqとATAC-seqによるアノテーション
ゲノムアノテーションの可視化
機能アノテーション
オーソログ割り当て
Gene Ontology（GO）
Fanflow
2.6 データの解釈とその利用
比較ゲノム解析
エンリッチメント解析
ゲノム編集
ゲノム編集とは
これまでのゲノム編集生物の実例
ゲノム編集ターゲットデザイン
大規模なゲノム解析結果の利用
公共トランスクリプトームデータの利用
文献データの利用
経路データの利用
第3章 これからのゲノム解析
3.1 新たな次世代シークエンサー
AVITI
ONSO
Platinum
3.2 新たな応用
ヒト個人ゲノム
シングルセル解析
空間トランスクリプトーム解析
パンゲノム解析
エピゲノム解析
3.3 新たな問題
ゲノム編集技術の利用
個人ゲノム情報の取り扱い
海外の遺伝資源の利用
著者紹介
索引
コラム
ウイルスとそのゲノム
1990年代のゲノム配列解読の実際
transcriptome shotgun assembly（TSA）
大規模データ解析に必要なこと
配列相同性と配列類似性
AlphaFold
