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雑誌
≪細胞工学別冊≫
次世代シークエンサーDRY解析教本
筆頭著者 清水 厚志 (監修)
岩手医科大学・いわて東北メディカル・メガバンク機構教授
その他の著者 坊農秀雅
学研メディカル秀潤社
電子版ISBN 978-4-05-915039-8
電子版発売日 2016年6月6日
ページ数 400
判型 B5変
印刷版ISBN 978-4-7809-0920-3
印刷版発行年月 2015年10月
書籍・雑誌概要
次世代シークエンサーDRY解析の入門書がついに完成！
コマンドを叩いたことなんてこれまで一度もない、解析ができるハイスペックなPCを持っていない、そんな方でもMacが1台あれば今日から解析を始めることができます。
目次
Level 1 準備編
①Mac の買い方
②コマンドラインの使い方
③ R の使い方
④データベースの選び方
⑤データ解析のための統計の基礎
・NGS 基本用語解説
Level 2 実践編
①練習用公開データの選び方
②発現解析
・発現解析・手順書
・【 再現・検証】研究者の妻のDRY解析奮闘日記
③疾患ゲノム解析 神田将和
・疾患ゲノム解析・手順書
・【 再現・検証】疾患ゲノム解析実習レポート
・【 再現・検証】有償ソフトウェアならここまでできます
④エピゲノム解析（ChIP-seq/FAIRE-seq/ATAC-seq）
・エピゲノム解析（ChIP-seq）・手順書
・【 再現・検証】ウェットな PIの ChIP-seqことはじめブログ
⑤エピゲノム解析（WGBS）
・エピゲノム解析（WGBS）・手順書①
・【 再現・検証】ギーク女優のWGBSガチ実況
・エピゲノム解析（WGBS）・手順書②
・【 再現・検証】担当編集者のつぶやき検証レポート
Level 3 論文別・作図コマンド解説
・R++pai・R+s.panels
・R++vioplot
・R++ggplot2+g・R+id
・R++・R+GADEM
・R++bioma・R+t+・R+eshape2+ggplot2+g・R+id+ent・R+opy
・R++KEGGg・R+aph
・R++t・R+isomy.・R+
・R++edge・R++hclust
・R++beanplot+boxplot+ba・R+plot+IGV
・Perl+R+ChromHMM+IGV
・R+python+visMut2sp.R
・Velvet+Murasaki+GMV
・Perl+gc_contentSkew+Tcl/Tk
・imlib2+distriSNP
・SQLite3+R+Ruby+Univa Grid Engine
