次世代シークエンサーDRY解析教本
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≪細胞工学別冊≫

次世代シークエンサーDRY解析教本

筆頭著者 清水 厚志 (監修) 岩手医科大学・いわて東北メディカル・メガバンク機構教授 その他の著者 坊農秀雅 学研メディカル秀潤社 電子版ISBN 978-4-05-915039-8 電子版発売日 2016年6月6日 ページ数 400 判型 B5変 印刷版ISBN 978-4-7809-0920-3 印刷版発行年月 2015年10月

書籍・雑誌概要

次世代シークエンサーDRY解析の入門書がついに完成!
コマンドを叩いたことなんてこれまで一度もない、解析ができるハイスペックなPCを持っていない、そんな方でもMacが1台あれば今日から解析を始めることができます。

目次

Level 1 準備編
 ①Mac の買い方
 ②コマンドラインの使い方
 ③ R の使い方
 ④データベースの選び方
 ⑤データ解析のための統計の基礎
 ・NGS 基本用語解説

Level 2 実践編
 ①練習用公開データの選び方
 ②発現解析
 ・発現解析・手順書
 ・【 再現・検証】研究者の妻のDRY解析奮闘日記
 ③疾患ゲノム解析 神田将和
 ・疾患ゲノム解析・手順書
 ・【 再現・検証】疾患ゲノム解析実習レポート
 ・【 再現・検証】有償ソフトウェアならここまでできます
 ④エピゲノム解析(ChIP-seq/FAIRE-seq/ATAC-seq)
 ・エピゲノム解析(ChIP-seq)・手順書
 ・【 再現・検証】ウェットな PIの ChIP-seqことはじめブログ
 ⑤エピゲノム解析(WGBS)
 ・エピゲノム解析(WGBS)・手順書①
 ・【 再現・検証】ギーク女優のWGBSガチ実況
 ・エピゲノム解析(WGBS)・手順書②
 ・【 再現・検証】担当編集者のつぶやき検証レポート

Level 3 論文別・作図コマンド解説
 ・R++pai・R+s.panels
 ・R++vioplot
 ・R++ggplot2+g・R+id
 ・R++・R+GADEM
 ・R++bioma・R+t+・R+eshape2+ggplot2+g・R+id+ent・R+opy
 ・R++KEGGg・R+aph
 ・R++t・R+isomy.・R+
 ・R++edge・R++hclust
 ・R++beanplot+boxplot+ba・R+plot+IGV
 ・Perl+R+ChromHMM+IGV
 ・R+python+visMut2sp.R
 ・Velvet+Murasaki+GMV
 ・Perl+gc_contentSkew+Tcl/Tk
 ・imlib2+distriSNP
 ・SQLite3+R+Ruby+Univa Grid Engine

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