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雑誌
次世代シークエンサーＤＲＹ解析教本 改訂第２版
筆頭著者 清水 厚志 (編著)
岩手医科大学 いわて東北メディカル・メガバンク機構 生体情報解析部門
その他の著者 坊農秀雅・三嶋博之・大田達郎・Mami・小巻翔平・三田村亜紀・尾崎遼・新井凛太郎・小野加奈子・原田成・志波優・今井克子・谷沢靖洋・中村保一・清水彩加・小林香織・荒川和晴・奥山輝大・仲里猛留・新堰舜・ 石井学・末竹裕貴・丹生智也・山田航暉・安水良明・横山貴央・金井仁弘・白根健次郎・栗本一基・広田喜一・八谷剛史・佐野坂司・今村拓也・ 安藤俊哉・山本紘輔
学研メディカル秀潤社
電子版ISBN 978-4-05-918505-5
電子版発売日 2021年4月19日
ページ数 384
判型 B5変
印刷版ISBN 978-4-7809-0983-8
印刷版発行年月 2019年12月
書籍・雑誌概要
次世代シークエンサー（ＮＧＳ）において，プログラミングの未経験者や初学者でもデータ解析を実践するためのツールのインストール方法，コマンドラインの使い方といった基本知識とスキルを紹介．
初学者の解析体験レポートも掲載．
コマンド未経験者・初学者でも，Ｍａｃ１台あればデータ解析が可能！
目次
Level 1（準備編）
Macの買い方
コマンドラインの使い方
共通基本ツールの導入方法
3分で学ぶGitHubの使い方～作成したプログラムをオープンソースで公開する～
Level 2（実践編）
0から始める疾患ゲノム解析ver2
・疾患ゲノム解析手順書
・再現・検証：ド素人 半信半疑で やりきった!!～ゲノム解析で耳垢タイプをチェック！～
0から始める発現解析ver2
・発現解析手順書
・再現・検証：ゲノム解析は，奥深い謎解きゲーム!?
0から始めるエピゲノム解析（ChIP-seq）ver2
・エピゲノム解析（ChIP-seq）手順書
・再現・検証：エピゲノムを理解したら，解析はもっと面白い
0から始めるエピゲノム解析（BS-seq）ver2
・エピゲノム解析（BS-seq）手順書
・再現・検証：医師で疫学研究者による楽しい再現・検証―初めてのWindows Subsystem for Linux（WSL）
0から始めるメタゲノム解析
・メタゲノム解析手順書
・再現・検証：リアルガチで，解析ができる事務に!?
0から始めるバクテリアゲノム解析
・バクテリアゲノム解析手順書
・再現・検証1：女子高校生による初めてのバクテリアゲノム解析
・再現・検証2：Mac愛用者の，コマンド世界への初ダイブ！
0から始める動物ゲノムアセンブリ
・動物ゲノムアセンブリ解析手順書
・再現・検証：初めてのNGSデータを手に，Let’sアセンブリ！
・wtdbg2をDocker Desktop for Macで動かす
0から始めるトランスクリプトームアセンブル解析
・トランスクリプトームアセンブル解析手順書
・再現・検証：解析攻略のコツは，“errorメッセージをよく読む”
CWL（Common Workflow Language）があれば，DRY解析はもう怖くない
Level 3（応用編）
ゲノムブラウザー風の可視化をRの基本作図関数を組み合わせて実現する
シングルセルRNA-seqで擬時間に対する発現量変動をクラスタリングし，クラスターごとの平均と代表的な遺伝子の発現量を可視化する
臨床検査値と疾患の遺伝的相関（genetic correlation）ネットワーク図
メンデルランダム化解析（Mendelian randomization）に基づく臨床検査値と疾患の因果関係の可視化
等高線散布図によるDNAメチル化の比較
公共データベースに登録されたNGSデータの分布を可視化する
メタ16Sシーケンスの各サンプルから得られたリード数の分布を生物分類ごとに可視化する
メタ16SシーケンスリードのBLAST結果を用いて，サンプル間で共通して存在する生物種を可視化する
特定のGO termがアノテーションされた遺伝子群の発現差の可視化
LocusZoomプロット：連鎖不平衡情報とともにゲノムワイド関連解析のシグナルを可視化する
遺伝子近傍のDNAメチル化レベルを可視化する
58形質のゲノムワイド関連解析結果とその多面的作用（pleiotropy）の可視化
複数の染色体配列間の相同性を可視化する
メタ16Sシークエンスの各サンプルから得られた細菌叢組成の差を主座標分析・クラスター分析により可視化する
おわりに（改訂第2版）
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