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Journal of Clinical and Experimental Medicine Volume 276, Issue 10 （March 2021）

医学のあゆみ 276巻10号（2021年3月発行）

Japanese English

第1土曜特集 1細胞解析――技術と応用

応用

免疫系の1細胞解析による転写制御機構の予測 Prediction of transcriptional regulation in immune cells through single-cell analysis Johannes Nicolaus Wibisana ¹ , 飯田渓太 ¹ , 岡田眞里子 ^1,2,3 Johannes Nicolaus Wibisana ¹ , Keita IIDA ¹ , Mariko OKADA ^1,2,3 ¹大阪大学蛋白質研究所 ²国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所 ³京都大学化学研究所キーワード： 1細胞RNAシーケンス（scRNA-seq）解析 , 1細胞ATAC-seqシーケンス（scATAC-seq）解析 , 免疫応答 Keyword: 1細胞RNAシーケンス（scRNA-seq）解析 , 1細胞ATAC-seqシーケンス（scATAC-seq）解析 , 免疫応答 pp.983-988

発行日 2021年3月6日 Published Date 2021/3/6

DOI https://doi.org/10.32118/ayu27610983

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参考文献 Reference

　免疫応答に関わる細胞の分類や解析には，フローサイトメトリーが従来使われてきたが，近年は，組織や細胞集団内の亜集団の多様性や機能を調べることを目的として，1細胞RNAシーケンス（scRNA-seq）が広く使われるようになった．また，1細胞レベルでのオープンクロマチン領域の同定が可能な1細胞ATACシーケンス（scATAC-seq）などを合わせて用いることで，DNA結合転写因子やクロマチン構造の予測も可能になった．本稿では免疫細胞であるB細胞を例として，scRNA-seqおよびscATAC-seqデータの情報解析プロトコールや解析ツールを紹介する．さらに，これらのデータ解析を組み合わせた転写制御と高次DNA構造の推定方法についても紹介する．