疾患とコピー数多型アリルとのケース-コントロール関連検定

Case-control association test for detecting a susceptibility allele at a copy number variation locus

　コピー数多型（copy number variation；CNV）とは，1kbp以上の長さをもつゲノム配列の重複や欠失により，そのコピー数に個体差があるゲノム領域のことをいう。もし，CNVがゲノムの機能単位（遺伝子など）を含めば，個体の表現型に様々なレベルで影響を与える可能性があり，実際に，FCGR3B遺伝子のCNVは全身性エリテマトーデス，顕微鏡的多発血管炎，ウェゲナー肉芽腫症の感受性と関連していることが報告されている^1）。CNVのコピー数と疾患感受性とが単純に相関する場合は，各個体の二倍体コピー数（二つのCNVアリルのコピー数の和）を説明変数にもつロジスティック回帰分析を行うことで，疾患とCNVとの関連を検討することができる。また，相関しない場合であっても，疾患の有無と二倍体コピー数からなる分割表に対するカイ二乗検定によって，疾患とCNVとの関連を検討することができる。しかしこれらの手法では，ある特定のコピー数をもつCNVアリルのみが疾患感受性と関連する場合に，そのCNVアリルを検出することはできない。本稿では，疾患リスクと関連するCNVアリルを検出するためのケース-コントロール関連解析の理論と手法について解説する。