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雑誌
筆頭著者 鈴木 穣 (編)
その他の著者等 鈴木 穣／編
羊土社
電子版ISBN
電子版発売日 2022年12月8日
ページ数 244
判型 B5
印刷版ISBN 978-4-7581-2261-0
印刷版発行年月 2022年12月
書籍・雑誌概要
シングルセル解析の弱点「位置情報の損失」を補う新技術は，実際どこまで使えるのか?! 次々に開発される機器のそれぞれの特徴とプロトコール，さらに応用例と今後の技術展望まで，最先端の情報を凝縮した1冊．
目次
【目次】
序―配列からバイオロジーへ
空間オミクス解析への期待
“使う”時代がやってきた
概論 空間オミクス解析の技術レビューと機器・データ解析ツール選択ガイド
◆実践編
第1章 技術とプロトコール
1 空間トランスクリプトーム Visiumによる新鮮凍結／FFPE組織検体の解析
2 空間トランスクリプトーム Visiumのデータ解析ツール
3 空間トランスクリプトーム ロングリードシークエンスを用いたscRNA-seqおよびVisiumの全cDNA解析
4 空間トランスクリプトーム 深層学習を活用したVisium測定結果の超解像度化
5 空間トランスクリプトーム Xenium In Situ
6 空間トランスクリプトーム HybISS（Hybridization-based in situ sequencing）
7 空間トランスクリプトーム Stereo-Seq（STOmics）
column ROI組織パンチングによる空間的遺伝子発現解析
column セミバルクRNA-seq
8 空間プロテオーム Hyperion Imaging Systemを用いた多重イメージングマスサイトメトリー
9 空間プロテオーム PhenoCyclerを用いた多重蛍光免疫染色
10 空間プロテオーム（空間トランスクリプトームも可能） GeoMxを用いたがん組織のマルチタンパク質発現解析
11 空間メタボローム メタボロームと時空間オミクスの融合とイメージングマス
第2章 データベース
12 バイオイメージングデータベースの現状と展望
13 遺伝子発現データベースを活用した空間・発生解析
◆応用研究編
第1章 発展的空間オミクス解析
1 空間オミクス解析を補う1細胞トランスクリプトーム技術の最前線
2 空間トランスクリプトームと1細胞トランスクリプトームの統合解析
3 空間トランスクリプトームに基づく細胞間相互作用ネットワークの解析技術
4 セルオミクスによる臓器・全身の空間コンテキスト解析
5 イメージングによるオミクス状態の推定
第2章 活用例と展望
6 免疫研究と空間オミクス解析
7 空間トランスクリプトームを用いた感染症研究の芽生え
8 心臓血管疾患と空間オミクス解析
9 がん免疫研究におけるシングル細胞解析と空間解析への展開
10 精神医学研究におけるゲノム解析と空間トランスクリプトームの現状
索引
