生体ネットワークにおけるタンパク質間相互作用の研究法

　ゲノムプロジェクトの進展とともに明らかにされたゲノムに存在する遺伝子をもとに，トランスクリプトーム，プロテオーム，インタラクトーム，メタボロームさらにはフィジオーム研究への展開がなされ，大量情報を考慮したそれぞれのオーム解析における数理解析法の開発が必要とされている中で，プロテオーム情報としてのタンパク質間の相互作用データが測定され^1-5），データベース化されている^6,7）。タンパク質-タンパク質相互作用に関わる大量情報を網羅的かつ悉皆的に把握することは，細胞内におけるタンパク質の関係を明らかにできることから，タンパク質を要素，タンパク質-タンパク質相互作用を関係とみなしたシステムとして分子生物学を体系的に理解するために重要である。筆者らの研究室では，タンパク質-タンパク質相互作用データをもとに，お互いの相互作用が密であるタンパク質の集合を抽出する数理科学法（DPClus）を提案し，タンパク質について複合体の予測を試みた^8,9）。本解説では，DPClusのアルゴリズムおよびその適応例について紹介する。なお，DPClusはウエブより無償でダウンロードできる（http://kanaya.naist.jp/DPClus/）。