蛋白と結合するDNA

■蛋白からDNAへ

　転写調節領域など特定の塩基配列に結合する蛋白質を解析する方法はすでに確立されていて，ゲル移動度シフト法，サウスウェスタンブロッティング，UVクロスリンク法などが知られている．また結合蛋白質の遺伝子単離法としてDNAアフィニティーカラムによる配列特異的結合蛋白質の精製，サウスウェスタン法による発現スクリーニング，トランスフェクションによる発現スクリーニングなどが用いられている．しかし逆に蛋白質から結合DNAを知る必要性が生ずることがある．癌遺伝子や染色体切断点に存在する遺伝子，あるいは既知の遺伝子との相同性などDNA結合能以外の指標で単離されてきた遺伝子が，zinc fingerなどDNA結合蛋白質としての構造的特徴を有している場合，その蛋白質の認識する塩基配列と，結合する標的遺伝子を知ることは機能を解析するうえで必須のステップである．また既知の転写因子についても最適の認識配列を決定することは重要である．この問題に対し，近年二，三の方法が開発され成果を挙げているので紹介する．