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雑誌
デジタル細胞生物学
データベース化・ImageJ・R・コマンドライン・Git
筆頭著者 三浦 耕太 塚田 祐基 (訳)
MEDSI
電子版ISBN 978-4-8157-0231-1
電子版発売日 2022年3月14日
ページ数 212
判型 B5変
印刷版ISBN 978-4-8157-3012-3
印刷版発行年月 2021年3月
書籍・雑誌概要
デジタルデジタル時代の研究指南書
実験データの整理法から、画像解析、統計解析、プログラミングのコツまで
現代のデジタル化された研究環境を生き抜くために、コンピュータを活用した実験の計画・記録・データ保管と解析、結果のまとめ方を指南。ImageJやRなどをはじめとするソフトの具体的な使い方を解説し、実験の結果を最大限に活かすことを目指す。誰も教えてくれなかった手法やテクニック満載。原著者スティーブ・ロイル氏は2021年に英細胞生物学協会からフックメダルを受賞。解析で使用するスクリプトとサンプル画像はダウンロード可能。
目次
第1章 デジタル細胞生物学の哲学
作業工程とパイプライン
実験データとスプレッドシートを扱うことについて
デジタル細胞生物学のためのソフト
イメージングにフォーカスを当てる
鉄の掟
第2章 データとのつき合い方
整理と組織化はなぜそんなに重要なのか？
整理して組織化する方法
実験ベースの整理・組織化法
実験資源のためのデータベース
電子ラボノート
イメージングのデータのデータベース
外部とデータを共有する
データのバックアップをとる
鉄の掟
第3章 イメージングのデータ
ソフトの選択
Fiji
RStudio
画像とは何か
画像の形式
画像の型
多次元の画像ファイル
メタデータ
画像の変換
イメージングの情報
画像取得条件のバランスをとること
焦点とドリフトの扱い
光毒性と光褪色
蛍光色素の選択
動作範囲（dynamic range）
鉄の掟
第4章 画像の処理と解析
画像をどうやって分析するか
（チュートリアル） 蛍光抗体法画像で行う細胞のタンパク質定量
分節化
他の分節化手法
画像フィルタ
ゲル濃度測定法
（チュートリアル） ゲルのバンドの測定
動画の解析
（チュートリアル） 細胞内の小胞を数える
粒子追跡法
（チュートリアル） 手動粒子追跡（Manual Particle Tracking）
（チュートリアル） 自動粒子追跡
キモグラフ
（チュートリアル） キモグラフの作成
共局在
（チュートリアル） 時系列の共局在をR を使って測定
画像から正しいデータを得ること
検証
最初のステップまで戻る
鉄の掟
第5章 統計学
実験のデザイン
n とは何か？
鉄の掟
なぜn が重要なのか？
細胞生物学者のための検定力分析
必要とされる統計学の基礎
要約統計量のおさらい
常にデータをプロットせよ
記述統計量
統計検定
ある値と1 つの対象群の比較
2 群の比較
3 群以上の比較
さらに複雑な実験計画
データの問題
p 値について
p 値の実際の意味
統計的有意vs 生物学的有意
効果量
鉄の掟
第6章 コーディング
どこから始めるか
基本的な考え方：作業工程、再現性、利点
コマンドラインの習得
コーディングにとりかかる
変数と文字列
配列とベクトル
ループ
基本的なImageJ マクロの書き方
ディレクトリでのファイルの扱い
（チュートリアル） 手動画像解析のためのブラインディング
（目隠し）ファイル
解析のための基本的なR のスクリプトの書き方
何が問題になりうるか？
データの検証とチェックの方法
デバッグ
ヘルプを求める
上達
醜いコード
モジュール化したコードを書く
バージョン管理とgit
コードの共有
鉄の掟
第7章 図のまとめ方
データをプロットする
作法
図の作成
作法
綺麗な図の作成
色覚障害
コントラスト調整
切り抜きと拡大
スケールバー
動画ファイル
作図でやってはいけない操作
鉄の掟
訳者付録
付録0：自習の準備
付録1：画素の位置を無作為に入れ替える
付録2：核の分節化
付録3：ゲルのバンドの測定
付録4：チュートリアルの補足事項
訳語対応表
索引
