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Cell Technology Volume 30, Issue 8 （July 2011）

細胞工学 30巻8号（2011年7月発行）

特集次世代シークエンサーを使いこなす:目的別解析法からデータ処理まで

動物ゲノム解読と比較ゲノム解析　脊椎動物のde novo assembly、メダカ近交系全ゲノム解析水口洋平 ¹ , 豊田敦 ¹国立遺伝学研究所生物遺伝資源情報総合センター比較ゲノム解析研究室キーワード：遺伝子ライブラリー , 染色体マッピング , 遺伝子多型 , メダカ属 , 遺伝子欠失 , ゲノム , DNA配列分析 , 精度管理 , 挿入欠失変異 Keyword: Chromosome Mapping , Oryzias , Polymorphism, Genetic , Gene Library , Gene Deletion , Sequence Analysis, DNA , Genome , INDEL Mutation pp.801-805

発行日 2011年7月22日 Published Date 2011/7/22

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文献概要
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次世代シークエンサー（NGS）の性能は年々向上しており，近年では脊椎動物ゲノムのde novo assemblyにも利用され始めている．一方，NGSが生成するショートリードに特化したアセンブラの開発も精力的に進められており，NGSのみを使用して従来のサンガー法によるアセンブリ結果に近い高精度な配列決定を行ったという報告もある．本稿では脊椎動物のゲノムを対象としたde novo assemblyの現状と解析手法について紹介したのち，当研究室で進めているメダカ近交系の比較ゲノム解析およびNGSを利用したドラフトゲノム配列の精度向上について紹介する．