リアルタイムPCRに用いられるクエンチャーの種類と使い分け

はじめに

　新型コロナウイルス遺伝子検査にも応用されている反応がリアルタイムPCR（polymerase chain reaction）である．リアルタイムPCRの手法の1つがポリメラーゼの5’-3’エキソヌクレアーゼ活性（5’末端から3’末端の方向にホスホジエステル結合を加水分解）を利用した加水分解プローブ法である^1）．これは，蛍光物質とクエンチャーで標識したdual-labeledプローブを用いた方法であり，いわゆるTaqManプローブ法とも呼ばれる．プローブの両末端に標識された蛍光物質とクエンチャーの間での蛍光共鳴エネルギー移動（fluorescence resonance energy transfer：FRET）により，加水分解されていないプローブでは蛍光物質からの蛍光が抑制（クエンチング）され，プローブが加水分解されるとFRETが起こらず，蛍光物質からの蛍光が検出される^2，3）．