4）核対比染色

　免疫組織化学的手法により特定の抗原が検出され，顕微鏡観察が可能となるが，その陽性像だけでは組織構造の観察，細胞の同定および抗原の局在部位の確認が困難である．そこで，組織構造および細胞をより明瞭に識別するために核染色を行う．核染色は免疫組織化学による発色反応産物を溶解あるいは変質させてはならない．また，反応産物の色調とコントラストをなす色調であることが最も重要であり，補色（余色）の関係の発色剤と核染色を選択するとよい．核染色にはメチル緑，ヘマトキシリン，ケルンエヒトロート，フォイルゲン反応などいくつかの種類があるが，実際にはメチル緑とヘマトキシリンが最もよく用いられる．