—核酸（DNA，RNA）の取り扱い—FFPEから抽出したDNAの品質と量

はじめに

　ホルマリン固定パラフィン包埋（formalin fixed paraffin embedded：FFPE）から抽出されたDNAの品質は“DNAの断片化”に左右される．病理検体の場合は検体摘出からホルマリンに浸漬するまでの時間，固定時間，ホルマリンの種類などがDNAの断片化に影響を与え，ゲノム解析結果の品質を左右することが明らかとなっている．DNAの品質の指標はΔCT値やDIN（DNA integrity number）がある〔2章「核酸（DNA，RNA）の取り扱い　核酸品質確認（ΔCT，DIN，A260/A280）」を参照〕．

　DINはDNAの断片化を数値化したものである．数値10が最も質がよく，長い状態のDNAであり，DNAが短く断片化するにつれて数値が小さくなる．日本病理学会の「ゲノム診療用病理組織検体取扱い規程」^1）（以下，規程）には，このDINが2.3以上のDNAであれば，ゲノム解析成功率は70％であったと記されている．実際に検査の現場でシークエンスを行っていると，DINが3.0以上であればほぼ問題なくライブラリーを構築でき，ゲノム解析は成功している．DINが高値であるほどPCR産物濃度，構築できるライブラリー濃度が高値となる．一方，DINが低値の場合は，PCR産物濃度，構築できるライブラリー濃度が低値となり，ゲノム解析が困難となる（図1）．

　規程に従って作製したゲノム検査用FFPE検体と，病理診断用に作製されたアーカイブFFPE検体のDNA品質（DIN，濃度）とゲノム解析成功率，ゲノム解析を成功させるための条件を知ることで，がんゲノム検査の成功率を向上させることができる．

　本稿は文献2）で筆者が報告した内容を基にして，FFPE作製条件の違いによるDNA品質（DNA）とゲノム解析成功率の比較について解説する．