PAG電気泳動の実際

はじめに

　ポリアクリルアミドゲル（PAG）は，アクリルアミドがビスアクリルアミドを架橋剤として重合し，三次元の網目の化学結合を形成している．したがって，PAG電気泳動は，ゲルの網目構造による分子篩作用を受けて分離される．核酸の等電点が強酸性のため中性の緩衝液中では各ヌクレオチドは負に荷電しており，電気移動度は塩基組成にほとんど依存せず，分子の大きさに依存して泳動される．大きい分子ほど移動度が小さい．数千ヌクレオチド2本鎖長（bp）程度の大きな核酸はこのPAGに入ることが難しく，通常1,000bp以下の核酸の泳動に用いられる。ゲル濃度は，目的とする核酸の大きさにより3.5～20％のものが用いられる．表1に各％における分離可能な2本鎖DNAの鎖長（bp）を示した．PAGはアガロースゲルよりも作製に手間がかかり保存が困難などの欠点があるが，より低分子の核酸の泳動に適している．したがって，PAG泳動は，PCR-SSCP （single strand confor-mation polymorphisms）法，DNAの塩基配列の決定，本シリーズの6．RFLP法などに用いられている．本稿においては誌面の都合で概略の説明となってしまう所も多々あるので，具体的な手法としては，遺伝子技術マニュアル¹）を参考にしていただきたい．